Z pensją sięgającą 4,7 tys. brutto zatrudnieni przy obsłudze unijnych programów stanowią jedną z najlepiej opłacanych grup urzędników. W całej administracji publicznej średnie wynagrodzenie nie przekracza 4,2 tys. zł. Jak policzyło MRR, w pierwszym półroczu 2012 roku średnie wynagrodzenie w systemie realizacji NSRO 2007-2013 wyniosło 4 692 zł brutto. Po wyłączenia zarobków kadry kierowniczej, średnia pensja osób zatrudnionych przy wdrażaniu funduszy UE wyniosła 4 224 zł brutto.